Gegen 06:00 Uhr morgens Ortszeit überflog das erste Mal eine israelische Aufklärungsmaschine die USS Liberty und identifizierte diese als "Schiff der US-Marine vom Typ Frachter" mit der Kennzeichnung "GTR-5". Diese Identifizierung wurde an das Hauptquartier der israelischen Marine weitergeleitet. In den folgenden Stunden überflogen israelische Aufklärungsflugzeuge die USS Liberty insgesamt acht Mal.
Um 14:00 Uhr registrierte das Radar des Schiffes dann drei sich mit hoher Geschwindigkeit nähernde Flugzeuge. Augenblicke später feuerten die israelischen Kampfflugzeuge mit Raketen und ihren Bordgeschützen auf die Liberty. Quartiermeister Theodore Arfsten erinnerte sich, daß er sah, wie ein jüdischer Offizier weinte, als er den blauen Davidsstern auf den Kampfflugzeugen sah. Nachdem diese Maschinen ihre Munition aufgebraucht hatten, wurden mehrere weitere Angriffswellen von israelischen Kampfflugzeugen gegen das Schiff geflogen, wobei Raketen, die Bordgeschütze der Flugzeuge und Napalm eingesetzt wurden. Die ersten Ziele waren dabei die Kommandobrücke, die Funkantennen und die vier Maschinengewehre. Während des Luftangriffs hatte die Besatzung des Schiffes Schwierigkeiten, Kontakt mit der Sechsten Flotte der US-Marine aufzunehmen, da starke Störsignale eingesetzt wurden.
Anschließend trafen drei israelische Torpedoboote ein, die fünf Torpedos auf das Schiff abfeuerten, von denen eines die Liberty traf. Daraufhin nahmen die Torpedoboote das Schiff mit Maschinengewehren unter Feuer. Dabei wurde insbesondere auf die Kommunikationseinrichtungen und jegliches Besatzungsmitglied, das sich an Bord zeigte, gezielt. Auch zu Wasser gelassene Rettungsboote wurden systematisch mit Maschinengewehrfeuer durchlöchert, so daß der Befehl zum verlassen des Schiffs schließlich aufgehoben werden mußte. Es gelang der Mannschaft aber, das Sinken des Schiffes trotz der schweren Schäden zu verhindern und auch einen kurzen Hilferuf an die Sechste Flotte abzusetzen. Daraufhin starteten Flugzeuge von den US-Flugzeugträgern USS Saratoga und USS America. Die gemeldeten angreifenden Flugzeuge wurden als "feindlich" eingestuft und die Piloten erhielten die Genehmigung, sie zu zerstören. Dieser Befehl wurde unverschlüsselt an die Piloten gesendet. Kurze Zeit später drehten die US-Maschinen allerdings wieder ab.
Kurz darauf brachen die Torpedoboote ihren Angriff ab und ein israelischer Offizier fragte mittels eines Megaphons an, ob die USS Liberty Hilfe benötige. Der verwundete Kommandeur der Liberty, Leutnant William McGonagle, wies den Quartiermeister daraufhin an, mit "**** dich" zu antworten. Zur gleichen Zeit trafen israelische Hubschrauber ein, von denen Überlebende des Angriffs berichteten, daß sie mit Männern in Kampfanzügen vollgestopft waren. Der Kapitän der Liberty befahl daraufhin, sich zur Abwehr von Entermannschaften klarzumachen. Hierzu kam es aber nicht, die Hubschrauber drehten ab.
Bei dem Angriff wurden an Bord der USS Liberty 34 Menschen getötet und 174 weitere teilweise schwer verletzt. Das Schiff selbst mit einem geschätzten Wert von 40 Millionen US-Dollar wurde bei dem Angriff so schwer beschädigt, daß es später als irreparabel eingestuft und als Schrott für 101.666,66 US-Dollar verkauft wurde. Israel zahlte später 6 Millionen US-Dollar Entschädigung für die Schäden an der Liberty und 6,7 Millionen US-Dollar an die Familien der Opfer und an die Verwundeten.
Seitens Israels war von Anfang an behauptet worden, es habe sich nur um einen Irrtum gehandelt - eine Erklärung, die ebenso von Anfang an zumindest offiziell durch die USA akzeptiert wurde. Tatsächlich sprach Israel der Besatzung des Schiffes eine nicht geringe Mitschuld - wenn nicht gar die Hauptschuld - an dem Vorfall zu. Demnach sei keine US-Flagge an der USS Liberty sichtbar gewesen, sie sei mit 30 Knoten gefahren - eine Geschwindigkeit, die damals zur Einstufung als Kriegsschiff führte - und die USA hätten Israel zuvor versichert, daß sich keine Schiffe der US-Marine in dem Seegebiet aufhielten. Dies habe zu der Verwechslung mit dem ägyptischen Frachter El-Quseir geführt, von dem man geglaubt habe, er habe israelische Positionen an Land beschossen - was wiederum auch ein "Irrtum" war, da es an jenem Tag keinen derartigen Angriff von See aus gab. Die El-Quseir lag zum Zeitpunkt des Angriffs auf die Liberty allerdings im Hafen von Alexandria, war vollständig unbewaffnet und nur etwa halb so groß wie die Liberty.
Auch den übrigen Behauptungen Israels widersprechen die überlebenden Besatzungsmitglieder der Liberty seit Jahren ebenso lautstark wie von den Medien unbeachtet.
Tatsächlich ist auch ein israelisches Militärgericht später zu dem Schluß gekommen, daß die Kommandantur der israelischen Marine spätestens drei Stunden vor Beginn des Angriffs wußte, daß es sich bei dem Schiff um ein "Sprachfunk-Überwachungsschiff der US-Marine" handelte. Diese Information sei allerdings verlorengegangen und habe die Besatzungen der Kampfflugzeuge und Torpedoboote und auch jene Offiziere, die den Angriff leiteten, nie erreicht.
Jetzt freigegebene Dokumente zeigen, daß die US-Führung in Wahrheit keineswegs der israelischen Darstellung, es habe sich nur um einen "tragischen Irrtum" gehandelt, folgte. So sagte Clark Clifford, damals Geheimdienstberater des US-Präsidenten Lyndon B. Johnson, bei einem Treffen mit NSA-Mitarbeitern, es sei "unvorstellbar", daß der Angriff infolge einer Verwechslung erfolgte. Der Angriff "kann nichts anderes als absichtlich gewesen sein", sagte der Direktor der NSA, Generalleutnant Marshall Carter, später vor dem US-Kongreß. "Ich glaube nicht, daß man in der NSA viele Leute findet, die glauben, daß es ein Unfall war", sagte Benson Buffham, ein früherer stellvertretender Direktor der NSA, in einem Interview.
Alle für den Artikel befragten Besatzungsmitglieder der Liberty sagten einmütig, daß die Liberty vor, während und nach dem Angriff die US-Fahne geflaggt hatte - mit Ausnahme einer kurzen Periode während des Angriffs, nachdem die erste Fahne zerstört worden war und bis eine andere größere - die vier Meter lange "Urlaubsfahne" - gehißt worden war. In einem der NSA-Dokumente heißt es denn auch: "Jede offizielle Befragung zahlreicher Besatzungsmitglieder der Liberty ergab übereinstimmende Beweise, daß die Liberty tatsächlich eine amerikanische Fahne gehißt hatte - und außerdem, daß die Wetterbedingungen ideal waren, um sicherzustellen, daß sie leicht zu sehen und zu identifizieren war."
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So erfolgte der Rückruf der bereits in der Luft befindlichen US-Kampfflugzeuge, die der Liberty zu Hilfe eilen sollten, offenbar auf direkten Befehl der US-Regierung.
J.Q. "Tony" Hart diente damals auf einer Relaisstation der US-Marine in Marokko, die die Kommunikation zwischen Washington und der 6. Flotte vermittelte. Er erinnert sich, daß er hörte, wie der damalige US-Verteidigungsminister Robert McNamara dem Kommandeur des US-Flugzeugträgerverbands, Konteradmiral Lawrence Geis, befahl, die Flugzeuge umkehren zu lassen. Als Geis protestierte und sagte, die Liberty brauche Hilfe, da sie angegriffen werde, sagte McNamara: "Präsident Johnson wird nicht einen Krieg anfangen oder einen amerikanischen Alliierten in Verlegenheit bringen wegen ein paar Seeleuten."
An Bord der Liberty befanden sich 291 Seeleute und 3 Zivilisten. ...