Jakowlew wurde autorisiert, vier Prototypen zu bauen. Das erste Exemplar, 48-0 war für Statik- und Festigkeitstests vorgesehen. Das zweite Exemplar, 48-1 (gelbe 48) diente auch zu Statikversuchen, aber auch schon zu ersten Triebwerks- und Recirkulationstests. Erst der dritte Prototyp, die 48-2 (weiße 75, später weiße 141) diente der ersten Bodenerprobung, die 1986 begannen. Die "75" war dann auch die erste Maschine, die am 9. März 1987 in Ramenskoye zum ersten mal mit dem Cheftestpilot Andrei Sinitsin, abhob. Nach einigen technischen Veränderungen, wurde später auch dieses Maschine voll in die Flugerprobung mit einbezogen. Beim vierten Prototyp 48-3 (weiße 77) war die digitale Triebwerkssteuerung voll in die fly-by-wire Flugsteuerung integriert.