Die Entwicklung der Ju 52 konnte seitens des
Reichswehrministeriums (RWM) dahingehend beeinflusst werden, dass militärische Belange bei der Konstruktion berücksichtigt wurden. Bereits in den Planungen wurde auch eine dreimotorige Version als Verkehrsflugzeug entworfen, die aber ursprünglich nicht gebaut werden sollte. Erst auf Druck der
Deutschen Luft Hansa, besonders durch Direktor
Erhard Milch, fiel 1931 die Entscheidung, die dreimotorige Version in das Bauprogramm mit aufzunehmen.
Die Auslegung der Ju 52 stellte eine echte Innovation im Flugzeugbau dar, weil die militärische Version dieses Flugzeugs ohne Umbau erstellt werden konnte. Die Grundauslegung bestand aus einem statisch hochbeanspruchbaren Aufbau, einem geteilten Fahrgestell, das einen durchgehenden Raum zur Aufhängung von Bomben ermöglichte, einer besonderen Unterteilung des Frachtraums und einer Ladeluke an der Rumpfoberseite, die den nachträglichen Einbau eines MG-Standes ermöglichte. Die ersten 700 gebauten Exemplare besaßen im Rumpfboden Klappen, über die nachträglich zwei Bombenschächte montiert werden konnten; diese wurden serienmäßig mitgeliefert. Weitere Klappen ermöglichten unter dem Flugzeug den Anbau eines Aussichtsplatzes (der sog. „Eimer“) für den Bombenschützen.
[1] Diese Auslegung machte sich 1933 bezahlt, als Junkers den Auftrag über 450 Behelfsbomber in der dreimotorigen Ausführung im Rahmen des Rheinland-Programms erhielt. Die Entwicklungskosten der einmotorigen Version lagen bei 1,3 Mio. RM. Es ist anzunehmen, dass zumindest Teile dieser Summe als Bezahlung für die Einflussnahme durch das RWM an Junkers geflossen sind.