Offenkundig gab es bei BMW massive Management-Probleme, die sich gravierend auf Entwicklung und Serienfertigung auswirkten. BMW war ja 1940ff. in der Situation, die im Sommer 1939 übernommene Bramo sinnvoll in das Unternehmen integrieren und zugleich den 801 in Serie herausbringen zu müssen – und das alles ohne Erfahrung in der Serienfertigung von Flugmotoren zu besitzen wie Junkers und Daimler. Diese ohnehin schon schwierige Aufgabe wurde durch das Agieren des BMW-Generaldirektors Franz Josef Popp nahezu unmöglich gemacht.
Popp betrieb eine ausgesprochen erratische und firmenegoistische Politik, die nicht nur an den Forderungen des RLM, sondern z.T. auch an den eigenen Entwicklungsingenieuren vorbeiging. Obwohl Göring persönlich ihn im November 1940 in einem Brief aufgefordert hatte, den 801 mit allen Mitteln voranzutreiben, betrachtete er den Motor lediglich als Übergangsmotor, da man allein mit dem 802 die Konkurrenz ausstechen könne. Zugleich versuchte er, dem RLM eine eigene Version des BMW 800 anzudienen, die er unter Umgehung der Ingenieure in Spandau und München nach eigenen Anweisungen in Eisenach hatte entwickeln lassen. Den Entwicklungschef Spandaus empfing er nicht mehr, Informanten bezeichneten gegenüber dem RLM die Situation in den Entwicklungsabteilungen BMWs als „Chaos“. Der Oberingenieur Amann schrieb in einem Brief an Udet:
„Zum Teil wurden Teile von dem 14-Zylinder auf den 9-Zylinder übernommen, ohne zu beachten, dass diese Übertragung technisch unmöglich ist, Der Motor-Entwurf Eisenach hätte sich überhaupt nicht drehen können… Bei der Abwägung der schöpferischen Kräfte der Männer des Entwicklungswerkes Spandau im Vergleich zu den von Herrn Gen. Dir. Popp muss nach meiner Auffassung das Urteil eindeutig zu Gunsten der Männer des Entwicklungswerkes Spandau fallen.“
Im RLM hat man Popp daraufhin „betrübliche Kenntnislosigkeit der wirklichen technischen Verhältnisse“ und „verbrecherischen Leichtsinn“ attestiert.
O-Ton eines Briefes Popps an Wolff: „Eines ist aber für uns heute schon klar dass der 801-Motor noch keine Überlegenheit gegen die Konkurrenz darstellt und in kurzer Zeit wieder in den Hintergrund tritt, wenn der 603 bzw. der 222-Motor erscheint. Einen Vorsprung erreichen wir erst mit unserem 802-Motor... Obwohl Junkers und Daimler mit der Entwicklung dieser beiden stärkeren Motoren uns voraus sind, so ergibt sich für uns gerade zurzeit eine günstige Sıruation und zwar deshalb, weil die Serienerzeugung dieser beiden Motoren auf große Hindernisse stößt... Wenn wir aber die Entwicklung des 802 nun mit allen Mitteln beschleunigen, dann kommen wir in eine günstigere Serienerzeugungsmöglichkeit als die unserer Konkurrenten mit ihren stärkeren Motoren... Wir müssen uns daher jetzt konzentrieren auf die für unsere Existenz entscheidenden Typen und das ist der Einsternmotor in Form der Type 800 und der Zweisternmotor in Form der Type 802. Der 801 war von mir immer nur als eine Übergangstype gedacht.“